Uganda võõrustab vanim ülikool Ida-ja Kesk-Aafrikas, mis on Makerere Ülikool. See ülikool on kesklinnas akadeemilise kvaliteedi aastakümneid mitte ainult Uganda õpilased, vaid ka teiste õpilaste piirkonnas. Uganda on üle 30 avalik-õiguslike ülikoolide.

MSc, ehk teadusmagister on rahvusvaheliselt tunnustatud akadeemiline kraad, mis näitab teatud valdkonnaga seotud oskuste ning teadmiste omandamist. Enamuse MSc programmide läbimiseks kulub umbes neli aastat, peale mida suunduvad paljud inimesed tööle, kuid on ka neid, kes jätkavad oma haridusteed.